Системата ще събира биометрични данни – пръстови отпечатъци и снимка на лицето – и ще ги съхранява в база данни. Данните ще се записват веднъж на всеки три години, освен ако паспортът не бъде сменен. Това ще спомогне за ускоряване на проверката на пътуващите, ще повиши сигурността и ще се бори с незаконната миграция.
Очаква се EES да бъде напълно внедрена до април 2026 г. Докато системата се въвежда, печати все още могат да се поставят, но те постепенно ще изчезнат. Кипър и Ирландия не се присъединяват към EES и системата не се прилага за постоянно пребиваващи и притежатели на дългосрочни визи.
По този начин ЕС се насочва към изцяло цифров граничен контрол, където хартиените печати ще станат нещо от миналото.